أُسست هذه المنظمة، أول مرة، في سنة 1947 بقيادة الفلسطيني مصطفى سليمان، وهو أحد المسؤولين في الحزب السوري القومي الاجتماعي. وتركزت عملياتها العسكرية في المنطقة الممتدة بين اللد ورام الله. وقد استمرت في نشاطها ثمانية أشهر فقط؛ وبسقوط فلسطين في سنة 1948 اندثرت هذه المنظمة بعدما سقط عدد من الشهداء في صفوف مقاتليها. ولاحقاً، في سنة 1974، أُعيد تأسيس «منظمة الزوبعة»، وعملت في إطار حركة فتح ونفذت عدة عمليات عسكرية في فلسطين منها عملية مستوطنة «مسعاف عام» في سنة 1975، وسقط من بين مقاتليها شهداء أمثال جهاد فرحات بينما كان عائداً من عملية استطلاعية في الخالصة سنة 1974. وكان من أبرز مقاتليها غسان الديك الذي استشهد في سنة 1982، وحبيب كيروز الذي اغتيل في 22/10/1987. وتوقف نشاط هذه المنظمة مع اندلاع الحرب الأهلية في لبنان في 13/4/1975.